A pesar de ser un proceso de apoyo administrativo en la organización, es un punto vulnerable de las entidades cuando no se atienden situaciones como pagos no autorizados, ineficiente liquidación de pagos a empleados, diferencias injustificadas entre la contabilidad y las declaraciones fiscales, desvío de dineros, y otras situaciones que pueden poner en riesgo el negocio en marcha. Por esto se requiere que, a través de la auditoría al proceso de liquidación y gestión de nómina, se revisen situaciones que mitiguen el riesgo y permitan identificar aspectos de mejora para la entidad. Los siguientes son los principales aspectos que deben tener en cuenta, en relación con la liquidación y gestión de nómina:

• Verificar que la entidad cuenta con procedimientos para cada uno de los procesos asociados a la liquidación y gestión de nómina en uno o varios documentos, entre ellos, manual de funciones, manual de procesos, diagramas de flujo u otros, que permitan llevar a cabo la liquidación de nómina de forma exitosa, el registro de información contable de forma fiable y el reporte de información a terceros de forma oportuna. Asimismo, verificar que los procesos hayan sido diseñados teniendo en cuenta los objetivos estratégicos de la entidad.
• Identificar los tipos de contratos gestionados por la entidad con sus colaboradores internos y externos, qué modalidades de contrato sostiene la entidad, y verificar si las condiciones de estos han sido ejecutadas de acuerdo con los lineamientos del Código Sustantivo del Trabajo, la Ley 789 de 2002, la convención colectiva de trabajadores y demás normas concordantes.
• Revisar que la liquidación del salario, comisiones, auxilios, bonificaciones, vacaciones, horas extras, viáticos, recargos nocturnos y demás conceptos se estén calculando de forma adecuada.
• Verificar que el proceso de cálculo y registro de retención en la fuente, los rubros relacionados en la declaración de renta y las demás declaraciones tributarias, responden fielmente a los requerimientos de las normas fiscales del DUT 1625 de 2016, el Estatuto Tributario y demás normas concordantes.
• Revisar que las facturas, certificados de retenciones, reportes de planilla y demás soportes revelen los rubros reconocidos en la contabilidad de la entidad, en relación con aportes parafiscales, prestaciones sociales, seguridad social, gastos de viáticos, entre otros, de acuerdo con los parámetros del DUR 2420 de 2015. De igual manera, revisar que estos rubros estén bien relacionados como deducciones y retenciones ante las autoridades fiscales.
• Revisar los libros contables y conciliar los saldos, de acuerdo con las consignaciones y pagos que se hayan realizado a empleados, cajas de compensación, entidades prestadoras de servicios de salud, aseguradoras u otros terceros con los que la entidad tenga relación en torno a la nómina.
• Evaluar los descuentos que los empleados han autorizado para que se realicen por nómina.
• Identificar si existen embargos por alimentos, cooperativas o por entidades financieras o fiscales a algunos de los empleados; asimismo, que el tratamiento que lleva a cabo la entidad sea realizado de acuerdo con los lineamientos del Código Sustantivo del Trabajo.
• Determinar si el proceso de nómina se realiza de forma desagregada y no existen sobrecargos de funciones a algún colaborador, verificando que la entidad cuente con los funcionarios idóneos y necesarios para llevar a cabo un adecuado proceso de gestión y liquidación de nómina.
• Evaluar el sistema contable de la entidad en cuanto a su parametrización, y que este satisfaga las necesidades de la entidad en cuanto a registro de información, procesamiento de datos y reporte.
• Evaluar la gestión de los registros de novedades por ausentismos, licencias no remuneradas, incapacidad, luto, permiso, calamidades, llegadas tarde, etc.